Uno delle cose piu belle del Sito del Battesimo e’ la Riserva Naturale.  Al Maghtas e’ una zona protteta non solo da UNESCO ma anche dalle leggi giordani sulla protezione della natura. Il Sito del Battesimo preserva l’originaria natura selvaggia in cui visse Giovannie la zona ospita numerose specie di animali, uccelli e flora naturale.